在Python中使用rdkit.Chem.AllChem进行药物分子筛选

在Python中使用rdkit.Chem.AllChem进行药物分子筛选，可以通过以下几个步骤实现：

1. 导入必要的模块和函数

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Descriptors

2. 读取化学文件

mol_supplier = Chem.SDMolSupplier("compounds.sdf")
mols = [mol for mol in mol_supplier if mol is not None]

3. 进行分子预处理和特征提取

# 移除无效分子
valid_mols = []
for mol in mols:
    try:
        smi = Chem.MolToSmiles(mol)
        if smi != "":
            valid_mols.append(mol)
    except:
        pass

# 计算分子描述符
descs = []
for mol in valid_mols:
    desc = []
    desc.append(Chem.Descriptors.MolWt(mol))
    desc.append(Chem.Descriptors.NumHAcceptors(mol))
    desc.append(Chem.Descriptors.NumHDonors(mol))
    descs.append(desc)

4. 定义筛选条件

def filter_molecule(mol):
    mw = Chem.Descriptors.MolWt(mol)
    nh_acceptors = Chem.Descriptors.NumHAcceptors(mol)
    nh_donors = Chem.Descriptors.NumHDonors(mol)

    return mw <= 500 and nh_acceptors <= 5 and nh_donors <= 3

5. 进行药物分子筛选

filtered_mols = [mol for mol in valid_mols if filter_molecule(mol)]

6. 输出结果

print("原始分子数：", len(mols))
print("有效分子数：", len(valid_mols))
print("被筛选分子数：", len(filtered_mols))

这是一个基本的药物分子筛选示例，可以根据实际需求定义更复杂的筛选条件。在这个示例中，我们使用了一些常见的分子描述符，例如分子量（MolWt）、氢键受体数量（NumHAcceptors）和氢键供体数量（NumHDonors）。通过设置不同的条件，可以筛选出符合特定要求的化合物，比如分子量小于等于500、氢键受体数量小于等于5、氢键供体数量小于等于3等。