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通过MolsToGridImage()在Python中生成多个分子结构的网格图像

发布时间:2023-12-18 18:34:59

在Python中,我们可以使用RDKit库中的MolsToGridImage函数生成多个分子结构的网格图像。MolsToGridImage函数可以将一系列的分子结构排列在一个网格中,并生成一个整体的图像。

首先,我们需要确保已经安装了RDKit库。可以使用以下命令在终端中进行安装:

pip install rdkit

接下来,我们可以编写一个示例代码来生成多个分子结构的网格图像。假设我们想要生成以下两个分子的网格图像:

1   2   3   4   5   6

H   H   O   O   O   O
        ||
H   O   H   H   H   H

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import MolsToGridImage

# 创建两个分子对象
mol1 = Chem.MolFromSmiles('CO')
mol2 = Chem.MolFromSmiles('CCO')

# 将两个分子对象保存在一个列表中
mols = [mol1, mol2]

# 设置网格图像的参数
gridSize = (2, 3)
legends = ['Molecule 1', 'Molecule 2']
molsPerRow = gridSize[1]
subImgSize = (200, 200)

# 生成网格图像
img = MolsToGridImage(mols, molsPerRow=molsPerRow, subImgSize=subImgSize, legends=legends)

# 保存图像
img.save('mols_grid.png')

在示例代码中,我们首先使用Chem.MolFromSmiles函数创建了两个分子对象。然后,我们将这两个分子对象保存在一个列表中。接下来,设置了网格图像的参数,包括网格行列数(gridSize),每行的分子数(molsPerRow),子图像的大小(subImgSize)和图例(legends)。最后,我们使用MolsToGridImage函数生成了网格图像,并将其保存为一个文件。

这样,我们就可以生成包含多个分子结构的网格图像。您可以根据自己的需求调整分子对象、网格参数以及其他绘图参数来生成不同样式的网格图像。希望这个例子可以帮助您理解如何使用MolsToGridImage函数在Python中生成包含多个分子结构的网格图像。