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使用Python的MolsToGridImage()函数在网格中展示分子结构

发布时间:2023-12-18 18:33:34

MolsToGridImage()是一个在Python中使用RDKit库展示分子结构的函数。它可以将多个分子结构以网格的形式展示出来,并且可以调整网格的大小、每个网格的分子结构的大小、分子结构的标题等。

以下是一个使用MolsToGridImage()函数展示分子结构的例子:

首先,我们需要安装RDKit库。可以使用以下命令在Python环境中安装RDKit库:

!pip install -q rdkit

然后,我们导入需要的库和函数:

import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

接下来,我们创建一个包含一些分子结构的数据集。这里我们使用了一些简单的有机分子,通过创建一个包含SMILES表示的dataframe来表示这些分子:

data = {'SMILES': ['CC(C)O', 'C1=CC=CC=C1', 'C=C(C)C(C)C']}
df = pd.DataFrame(data)

接着,我们可以使用Chem.MolFromSmiles()函数将SMILES字符串转化为RDKit中的分子对象:

mol_list = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in df['SMILES']]

然后,我们可以调用MolsToGridImage()函数来展示这些分子结构:

img = Draw.MolsToGridImage(mol_list, molsPerRow=3, subImgSize=(200, 200))
img.show()

在这个例子中,我们将每行显示3个分子结构,每个分子结构的大小为200x200像素。MolsToGridImage()函数会返回一个表示网格图像的对象,然后我们可以使用show()方法来显示它。

通过MolsToGridImage()函数,我们可以轻松地在Python中展示多个分子结构。这对于比较不同化合物或者展示一系列有机分子结构非常有用。