使用Python的MolsToGridImage()函数在网格中展示分子结构
发布时间:2023-12-18 18:33:34
MolsToGridImage()是一个在Python中使用RDKit库展示分子结构的函数。它可以将多个分子结构以网格的形式展示出来,并且可以调整网格的大小、每个网格的分子结构的大小、分子结构的标题等。
以下是一个使用MolsToGridImage()函数展示分子结构的例子:
首先,我们需要安装RDKit库。可以使用以下命令在Python环境中安装RDKit库:
!pip install -q rdkit
然后,我们导入需要的库和函数:
import pandas as pd from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw
接下来,我们创建一个包含一些分子结构的数据集。这里我们使用了一些简单的有机分子,通过创建一个包含SMILES表示的dataframe来表示这些分子:
data = {'SMILES': ['CC(C)O', 'C1=CC=CC=C1', 'C=C(C)C(C)C']}
df = pd.DataFrame(data)
接着,我们可以使用Chem.MolFromSmiles()函数将SMILES字符串转化为RDKit中的分子对象:
mol_list = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in df['SMILES']]
然后,我们可以调用MolsToGridImage()函数来展示这些分子结构:
img = Draw.MolsToGridImage(mol_list, molsPerRow=3, subImgSize=(200, 200)) img.show()
在这个例子中,我们将每行显示3个分子结构,每个分子结构的大小为200x200像素。MolsToGridImage()函数会返回一个表示网格图像的对象,然后我们可以使用show()方法来显示它。
通过MolsToGridImage()函数,我们可以轻松地在Python中展示多个分子结构。这对于比较不同化合物或者展示一系列有机分子结构非常有用。
