使用Python的MolsToGridImage()在网格中可视化多个分子结构

首先，我们需要安装相应的软件包，这可以通过运行以下命令来完成：

pip install rdkit-pypi
pip install matplotlib

安装完成后，我们可以使用以下代码来可视化多个分子结构：

import random
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import DrawingOptions
import matplotlib.pyplot as plt

def visualize_molecules(molecules, grid_size):
    # 确定要在网格中放置多少个分子
    num_mols = len(molecules)
    if num_mols > grid_size**2:
        raise ValueError("Too many molecules to visualize in the given grid size!")

    # 设置绘图选项
    DrawingOptions.atomLabelFontFace = 'DejaVu Sans'
    DrawingOptions.atomLabelFontSize = 10

    # 创建一个Matplotlib图像和子图网格
    fig, axes = plt.subplots(grid_size, grid_size, figsize=(10, 10))
    axes = axes.ravel()  # 将子图网格展平成一维数组

    # 遍历每个分子并在网格中绘制
    for i in range(grid_size**2):
        ax = axes[i]
        if i < num_mols:
            mol = molecules[i]
            Draw.MolToMPL(mol, size=(200, 200), ax=ax)
            ax.set_title(f"Molecule {i+1}")
        # 删除未使用的子图
        else:
            fig.delaxes(ax)

    # 保持纵横比一致，并删除空白的子图
    plt.tight_layout()
    plt.show()

# 生成一些随机的分子结构
random_molecules = []
for _ in range(9):
    smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles('C' + ''.join([random.choice(['H', 'C', 'N', 'O', 'P', 'S', 'F', 'Cl', 'Br', 'I']) for _ in range(random.randint(1, 10))])))
    random_molecules.append(Chem.MolFromSmiles(smiles))

# 在3x3网格中可视化分子结构
visualize_molecules(random_molecules, 3)

上述代码中，我们首先导入所需的库。然后，我们定义了一个visualize_molecules函数，该函数接受一个分子结构列表和网格大小作为输入。函数使用RDKit库来绘制分子结构，并将每个分子绘制到Matplotlib子图中。

接下来，我们生成了一些随机的分子结构，并将它们存储在一个列表中。我们使用visualize_molecules函数将这些随机分子结构可视化为3x3的网格。

最后，我们调用visualize_molecules函数并传递随机分子结构列表和网格大小3。

运行上述代码，你将会得到一个包含九个随机分子结构的网格图。每个分子结构都具有一个标题，例如"Molecule 1"。