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介绍sklearn.manifold中的随机近邻嵌入算法(t-SNE)及其在聚类分析中的应用

发布时间:2023-12-24 01:07:42

随机近邻嵌入算法(t-SNE)是sklearn.manifold中的一种非线性降维算法,用于将高维数据映射到二维或三维空间中,从而便于可视化和理解。t-SNE算法通过考虑数据点之间的相似性来进行降维,相似的数据点在降维后的空间中会更加接近,而不相似的数据点则会更加远离。

在t-SNE算法中,首先通过计算数据点之间的相似性来构建近邻图。然后,利用概率分布来表示数据点在高维和低维空间中的分布。在高维空间中,利用高斯分布来表示数据点之间的相似性;在低维空间中,利用t分布(Student's t-distribution)来表示数据点之间的相似性。通过最小化两个分布之间的KL散度,将高维数据映射到低维空间中。

t-SNE算法在聚类分析中有着广泛的应用。通过将高维数据映射到二维或三维空间中,我们可以直观地观察数据点之间的相似性和聚类结构。对于具有复杂结构的数据集,t-SNE能够更好地保留局部结构,同时减少全局结构带来的影响。因此,t-SNE在聚类分析中可以帮助我们发现隐藏在数据背后的模式和关联。

下面是t-SNE在sklearn中的一个使用示例:

import numpy as np
from sklearn.datasets import make_blobs
from sklearn.manifold import TSNE
import matplotlib.pyplot as plt

# 生成聚类数据集
X, y = make_blobs(n_samples=100, centers=3, random_state=0, cluster_std=0.5)

# 使用t-SNE进行降维
tsne = TSNE(n_components=2, random_state=0)
X_tsne = tsne.fit_transform(X)

# 绘制降维后的数据点
plt.scatter(X_tsne[:, 0], X_tsne[:, 1], c=y)
plt.xlabel("t-SNE Component 1")
plt.ylabel("t-SNE Component 2")
plt.title("t-SNE Visualization of Clustering")
plt.show()

在上述示例中,我们首先使用make_blobs函数生成了一个包含3个簇的聚类数据集。然后,我们使用t-SNE将数据降到二维空间,并根据原始数据点的簇标签对降维后的数据点进行着色。最后,我们使用matplotlib绘制了降维后的数据点的散点图,其中不同的颜色代表不同的簇。

通过使用t-SNE算法,我们可以清楚地看到数据点之间的聚类结构,不同簇之间的边界更加清晰可见。这有助于我们更好地理解数据集中的聚类模式。同时,t-SNE还可以帮助我们发现异常值或离群点,因为它们在低维空间中往往会处于较远的位置。

总之,t-SNE算法是sklearn.manifold中的一种强大的非线性降维算法,广泛应用于聚类分析中。通过将高维数据映射到低维空间,t-SNE可以帮助我们更好地发现数据集中的聚类结构和模式。