利用sklearn.manifold中的等距映射算法(Isomap)进行数据降维和可视化
发布时间:2023-12-24 01:06:10
等距映射算法(Isomap)是一种经典的非线性降维算法,它通过保持数据之间的地理距离来进行降维。Isomap算法使用了MDS算法(多维缩放)的一个变种,它首先在高维空间中计算数据点之间的地理距离,然后再通过图论中的最短路径算法计算低维空间中的近似距离矩阵。最后,利用MDS算法将数据点映射到低维空间中。
下面以一个简单的例子来说明如何使用sklearn.manifold中的Isomap算法进行数据降维和可视化。
首先,我们需要导入所需的库和模块:
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from sklearn.manifold import Isomap
接下来,我们可以使用sklearn中的datasets模块生成一个简单的数据集。这里我们选择使用digits数据集,它包含了一些手写数字的图像数据。
digits = datasets.load_digits() X = digits.data y = digits.target
然后,我们创建一个Isomap对象,并指定降维后的维度为2:
isomap = Isomap(n_components=2)
接下来,我们调用Isomap对象的fit_transform方法来对数据进行降维。fit_transform方法会返回降维后的数据,这里我们将它保存到新的变量X_iso中:
X_iso = isomap.fit_transform(X)
最后,我们可以使用matplotlib库来进行可视化。由于我们的样本标签是手写数字,我们可以将降维后的数据点用不同的颜色表示不同的数字:
plt.scatter(X_iso[:, 0], X_iso[:, 1], c=y, cmap=plt.cm.get_cmap('jet', 10))
plt.colorbar(ticks=range(10))
plt.clim(-0.5, 9.5)
plt.show()
上述代码中,plt.scatter函数将降维后的数据点绘制在二维坐标系上,c参数指定了颜色,cmap参数指定了颜色映射,colorbar函数用于添加颜色示意条。
运行以上代码,我们就可以得到手写数字数据集的降维可视化结果。不同的数字在降维后的空间中被分离开来,可以更清晰地看到数据之间的几何结构。
通过以上的例子,我们可以看到Isomap算法在数据降维和可视化上的应用。Isomap算法能够保持数据之间的地理距离,有效地展示出数据的局部结构,帮助我们更好地理解数据。
