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利用statsmodels.formula.api进行生存分析

发布时间:2023-12-15 08:12:03

statsmodels是一个Python库,通过它可以进行统计建模和计量经济学分析。statsmodels.formula.api模块提供了一种方便的方式来使用公式语法进行分析,包括生存分析。

生存分析(Survival Analysis)是一种用来分析事件发生时间的统计方法,主要用于描述和预测个体在某一特定时间内是否会发生某个事件。生存分析广泛应用于医学、生物学、金融和社会科学等领域。

下面是一个使用statsmodels.formula.api进行生存分析的示例:

首先,我们需要导入所需的库和模块:

import pandas as pd
import statsmodels.api as sm
import statsmodels.formula.api as smf

接下来,我们准备一个包含生存数据的数据集。假设我们有一个包含个体的年龄、性别、疾病类型和生存时间的数据集。

data = pd.DataFrame({
    'Age': [40, 50, 60, 45, 55, 65, 70],
    'Sex': ['M', 'F', 'F', 'M', 'F', 'M', 'M'],
    'Disease': ['A', 'B', 'A', 'B', 'A', 'A', 'B'],
    'SurvivalTime': [10, 15, 12, 8, 7, 18, 20]
})

在进行生存分析之前,我们需要将性别和疾病类型这些分类变量转换为虚拟变量。可以使用pandas的get_dummies函数来实现。

data = pd.get_dummies(data, columns=['Sex', 'Disease'], drop_first=True)

使用SurvfuncRight函数创建一个生存函数对象,其中参数是生存时间和生存状态(0代表生存,1代表死亡)。

sf = sm.SurvfuncRight(data['SurvivalTime'], 1 - (data['SurvivalTime'] > 10))

现在,我们可以使用这个生存函数对象进行生存分析。下面是一个使用Cox模型进行生存分析的示例:

model = smf.phreg("SurvivalTime ~ Age + Sex_M + Disease_B", data=data)
result = model.fit()

在模型拟合之后,我们可以使用summary方法查看分析结果。

print(result.summary())

输出结果将包括每个变量的系数、标准差、置信区间和p值。

除了Cox模型,statsmodels还提供了其他生存分析模型,包括加速失效时间模型(AFT model),WeiLanders模型等等。

生存分析非常强大,可以帮助我们了解事件发生的概率和时间,预测个体的生存状况,并进行风险评估。使用statsmodels.formula.api模块,我们可以方便地进行生存分析,并获得详细的分析结果。