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使用scipy.sparse.csgraphlaplacian()函数进行图嵌入和图可视化

发布时间:2023-12-23 19:11:35

scipy.sparse.csgraph.laplacian()函数是SciPy中用来计算图的拉普拉斯矩阵的函数。拉普拉斯矩阵是一种用来嵌入图数据的常用工具,提供了一种方式将图的结构信息转化为一个低维向量表示。在该函数中,我们可以选择三种拉普拉斯矩阵的类型进行计算,分别是无向图拉普拉斯矩阵、有向图拉普拉斯矩阵和标准化的拉普拉斯矩阵。

以下是使用scipy.sparse.csgraph.laplacian()函数进行图嵌入和图可视化的一个例子:

首先,我们需要导入所需的库:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.sparse import csgraph
from sklearn.manifold import SpectralEmbedding

接下来,我们创建一个简单的图数据。这里我们以邻接矩阵的形式表示图的结构。对角线上的元素表示节点的度,非对角线上的元素表示节点之间的边的数目。

adjacency_matrix = np.array([[0, 1, 1, 0],
                             [1, 0, 1, 1],
                             [1, 1, 0, 1],
                             [0, 1, 1, 0]])

然后,我们可以使用csgraph.laplacian()函数计算图的拉普拉斯矩阵:

laplacian_matrix = csgraph.laplacian(adjacency_matrix, normed=False)

这里我们选择了无向图拉普拉斯矩阵,并且normed参数设为False,表示不对拉普拉斯矩阵进行标准化处理。

接下来,我们可以使用SpectralEmbedding类进行图嵌入:

embedding = SpectralEmbedding(n_components=2)
X = embedding.fit_transform(laplacian_matrix)

这里我们选择了两个嵌入的特征维度。

最后,我们可以将嵌入后的图数据可视化:

plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1])
for i in range(len(X)):
    plt.text(X[i, 0], X[i, 1], str(i+1))
plt.show()

这里我们使用scatter函数将嵌入后的数据点进行散点图表示,然后通过text函数添加节点的标签,最后使用show()函数显示图的可视化结果。

该例子中,我们创建的图数据是一个简单的无向图,其中四个节点,节点之间的连接关系通过邻接矩阵来表示。使用csgraph.laplacian()函数计算了图的拉普拉斯矩阵,然后使用SpectralEmbedding类进行图嵌入,将图数据嵌入到一个二维的特征空间中。最后,将嵌入后的图数据进行可视化,展示了图中节点之间的结构。