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使用rdkit.Chem.AllChemComputeGasteigerCharges()计算原子的Gasteiger电荷

发布时间:2023-12-18 10:04:17

请使用以下示例代码计算原子的Gasteiger电荷带:

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

# 创建分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
AllChem.ComputeGasteigerCharges(mol)

# 获取每个原子的Gasteiger电荷
for atom in mol.GetAtoms():
    charge = atom.GetDoubleProp('_GasteigerCharge')
    print("Atom {}: Gasteiger charge = {}".format(atom.GetIdx(), charge))

在上面的示例中,我们首先从SMILES字符串创建一个分子对象mol,然后使用AllChem.ComputeGasteigerCharges()函数计算每个原子的Gasteiger电荷。最后,我们使用atom.GetDoubleProp()函数获取每个原子的Gasteiger电荷,并打印到屏幕上。

注意:在使用AllChem.ComputeGasteigerCharges()函数之前,确保已经安装了RDKit库,并且已经从rdkit.Chem模块中导入了AllChem子模块。